国际有机农业和有机农产品的法规与管理体系主要分为三个层次，一是联合国层次，二是国际性非政府组织层次，三是国家层次。
联合国层次的有机农业和有机农产品标准是由联合国粮农组织（FAO）与世界卫生组织（WHO）制定的，是“食品法典”的一部分，目前尚属于建议性标准。我国作为联合国成员国也参与了标准制定。“食品法典”作为联合国协调各个成员国食品卫生和质量标准的跨国性标准，一旦成为强制性标准，就可以作为WTO仲裁国际食品生产和贸易纠纷的依据。“食品法典”的标准结构、体系和内容等基本上参考了欧盟有机农业标准U2092/91以及国际有机农业运动联盟（IFOAM）的“基本标准”。
国际有机农业运动联盟的基本标准属于非政府组织制定的有机农业标准，尽管它属于非政府标准，但其影响却非常大甚至超过国家标准。国际有机农业运动联盟成立于1972年，到目前已经有110多个国家700多个会员组织。它的优势在于联合国际上从事有机农业生产、加工和研究的各类组织和个人，其制定的标准具有广泛的民主性和代表性，因此许多国家在制定有机农业标准时参考IFOAM的基本标准，甚至FAO在制定标准时也专门邀请了IFOAM参与制定。
国家层次的有机农业标准以欧盟、美国和日本为代表，其中目前已经制定完毕且生效的是欧盟的有机农业条例EU2092/91及其修改条款。欧盟标准适用于其15个成员国的所有有机农产品的生产、加工、贸易包括进口和出口。也就是说，所有进口到欧盟的有机农产品的生产过程应该符合欧盟的有机农业标准。因此，欧盟标准制定完成后，对世界其他国家的有机农产品生产、管理，特别是贸易产生了很大影响。
以欧盟标准为范本，美国和日本也加紧了标准制定。1990年，美国颁布了“有机农产品生产法案”，并成立了国际有机农业标准委员会（NOSB），由美国农业部市场司归口领导。美国的有机标准基本上与欧盟的类似，区别在于美国的标准把检查、认证等完整地列入。美国有机农业标准于2001年2月20日开始试行。2002年8月正式执行。日本2000年4月份推出了有机农业标准，具体内容与欧盟95%以上是相似的。该标准于2001年4月正式执行。
